21世紀，地球遭到「機械帝國加爾法」的侵略。加爾法在月球上的前線基地「螺旋城」為了搜索躲在地球上的數碼武器，不停的派出機獸侵害著地球。「草薙北斗」與「出雲銀河」兩位小學生，在因緣巧合下被突然出現的巨大機器人「電童」選為駕駛員，在戴著面具的神秘女性「貝卡」指揮下，兩人成功地駕駛電童擊退了入侵的機獸並加入對加魯法組織「ＧＥＡＲ」，展開了對抗加爾法的壯大戰鬥！